基地規劃：五大分區
見輝法師表示，寶嚴禪寺基地目前規劃四大分區，並預留未來發展空間:一為宗教建築主體;二為香草園區、停車場暨遊客中心;三為藝術教育園區暨藝術學院;四為百果園區，目前規劃逾三百種果樹，未來供信眾採果供佛、亦可攜帶回家中享用，並設有生態研究功能。第五部分則為長遠規劃的閉關區，提供有意進修移居的信眾長住安居之所。
法師特別提及，結構技師實地評估基地地質後，對其穩定性給予高度肯定，且基地距離斷層帶十公里以上，屬相對安全區域。
六層樓的修行空間
依現行設計，寶嚴禪寺主體建築規劃為地上六層、地下兩層的建築，總樓地板面積逾兩萬四千平方公尺。各樓層機能配置如下:
普光明殿(大雄寶殿)
作為日常供佛、供法、供僧之處，每日中午將有八十口華嚴金鐘同時鳴響共修。
毗盧遮那藏殿
以琉璃為基本設計語彙，長年供奉三藏十二部經典，供信眾誦讀研習，象徵因陀羅網互攝互融之義，亦與彌勒菩薩法門相應。
三種禪堂
見輝法師特別說明，禪修空間依修行深淺分為三種層級:
- 空中禪堂——可觀海禪修，開放來賓依個人時間彈性禪坐，自一小時至三日禪皆可;
- 禪藝實相人文空間——提供寫經、靜坐沉思、閱讀等較為輕鬆的身心安頓場域;
- 閉關禪堂——設於三樓，不對外開放，專供長期精進行者衣食住行皆在其中，每日有專人送餐，不受外界打擾。
鐘鼓樓
與八十座華嚴金鐘相應，每日舉行叩鐘大典。
兒童教育區
見輝法師指出，台東環境適合親子共學，寶嚴多年來透過「小星星夏令營」及日常 EPIC 課程，持續探索兒童發展的可能性，盼望每個孩子都能認識自身本具的良知良能。
人間有香──公益與客製化餐飲空間
規劃兩種型態，一為大眾平價供餐，選用在地有機花果食材;另一為結合禪宗公案設計的客製化特餐，期盼信眾在品味美食之餘，亦能參究公案、開啟智慧。見輝法師表示，此一「人間有香」理念未來將推廣至各地分院。
戶外園林：五百羅漢與百花百草
主體建築之外，寶嚴禪寺亦規劃五百羅漢園區、百果園區、百花園區與百草園區，供信眾散步禮敬、親近自然。見輝法師以「前人種樹、後人乘涼」勉勵大眾:期盼在有生之年見證道場落成，而道場落成之後，子孫後代仍能因此因緣繼續深入佛法。
六藝社區、學習型道場
見輝法師表示，寶嚴禪寺期盼建立一個涵攝「色、聲、香、味、觸、法」六境的學習型社區，廣邀各領域大師駐席任教，亦鼓勵護法信眾及早發心進修，未來皆有機會成為學院師資之一。法師強調，寶嚴不採取由上而下的單一決策模式，而是集眾人智慧、集思廣益共同成就。
不講求富麗堂皇，講求的是產生一種氣質、一個氣場，讓大家都能在此精進用功。 見輝法師開示